内蒙古自治区科学技术协会(简称内蒙古科协)是1958年11月在内蒙古自治区科学技术普及协会和中华全国自然科学专门学会联合会内蒙古分会的基础上成立的,是中国科协的地方组织。
1958年9月,全国科普协会和全国科联合并在北京召开了中国科学技术协会第一次全国代表大会,内蒙古科普协会和内蒙古科联组成统一代表团出席会议。
1966年,“文化大革命”开始,全区各级科协全部停止工作,人员分流,活动终止。
1978年元月,自治区科学大会召开,自治区党委批准恢复内蒙古科协,并要求各盟、市要恢复或建立科协组织。1979年8月,内蒙古科协一届二次全委(扩大)会议审议通过科协第一届委员会第二次(扩大)会议决议,研究部署了关于召开内蒙古科协“二大”的准备工作。
1991年,内蒙古自治区六届政治协商会议第12次常委会决定恢复内蒙古科协为内蒙古政协组成单位。
1992年3月16—18日,内蒙古科协第三次代表大会在呼和浩特召开,会议听取审议通过了工作报告,选举产生了自治区科协第三届委员会。
1997年4月1—3日,内蒙古科协第四次代表大会在呼和浩特召开。
2001年6月,内蒙古党委召开常委会议听取了自治区科协关于中国科协“六大”精神在我区的贯彻意见的汇报,并印发了会议纪要。